《遺神》由十六章構成，從第一章〈額前的蛇〉到十二章〈海的遺言〉，內容都在探討人和神的區別，然而後面四章卻不同，主題拓展深入到辨析人、神、鬼之間的複雜關係。吳鈞堯在十五章〈追神少年〉中通過風獅爺之口提出疑問：「兇惡風獅爺指了指蔣公塑像，這是什麼玩意兒，是神嗎？不是神，怎能遍佈全島，越豎越多？若是神，怎瞧不出神通？一風獅爺敲敲蔣公的頭，說那只是一塊鐵。」更重要的是，「這人沒死，怎能為神？」那麼，何謂人？何謂神？人、神、鬼之間的根本區別又是什麼？這種質疑顯然也與辛亥革命之後金門的現代化社會發展進程有關。進入現代社會以後，民智日開的現代人只信科技，不再信奉鬼神。鬼神等民間信仰的深層精神支柱層面被有意忽略，而被當作愚昧迷信之舉逐漸沒落，其實這是現代人精神信仰失落的顯著表徵，喻示著現代人已經失去了追求理想和自我精神救贖的動力與依託。《遺神》的意義在於尖銳提出：在現代社會中，既然人們遺忘、丟失了內在的精神信仰，神明不再存留心中，那麼何處安放現代人日益不安的靈魂？